Zabieg operacyjny przeprowadza się w znieczuleniu ogólnym w pozycji leżącej. Zakres i technika planowane są indywidualnie po wykonaniu diagnostyki obrazowej (TK lub MRI zatok).
Zabieg obejmuje wziernikowanie jam nosa przez nozdrza przednie i otwarcie jednej lub wielu zatok. Otwarcie zatoki (sinusoskopia) dotyczy najczęściej zatok sitowych i szczękowych, rzadziej zatoki czołowej i klinowej. Dostęp do zatoki szczękowej uzyskuje się od strony jamy ustnej lub jamy nosa.
Występujące po zabiegu krwawienie wymaga założenia opatrunku uciskowego (tamponady nosa) na okres do 48 godzin.